PyMOL除了仔细观察蛋白质结构之外还可以做到什么呢，在这里想要和大家一起，用一个实例来阐释一下如何运用PyMOL仔细观察蛋白质与配体之间的相互作用关系：1、寻找你要的蛋白文件Pymol配置文件可以关上的文件格式是大家都很熟知的PDB格式，我们可以从pdb这个网址中iTunes到。以为大家展出的这个对象为事例－－－3ODU（一种与癌症移往和HIV病毒感染有关的G蛋白偶联受体），我们可以必要按照以下路径必要关上：在ExternalGUI中自由选择File—GetPDB，经常出现如下对话框，输出我们要去找的蛋白质的PDB号，页面Download，就可以必要iTunes对应的PDB文件了，较慢便利。2、对InternalGUI中的五个按键展开操作者All指所有的对象，3ODU指刚才关上的文件，（sele）是自由选择的对象按钮。

A：代表对这个对象的各种action；S：表明这个对象的某种样式；H：隐蔽某种样式；L：表明某种label；C：表明的颜色。下面是操作过程：页面all中的H，自由选择everything，隐蔽所有；页面3ODU中的S，自由选择cartoon，以cartoon形式表明蛋白质；页面3ODU中的C，自由选择byss，以二级结构分配颜色，自由选择。页面右下角的S，窗口上面经常出现蛋白质氨基酸序列，寻找1164座落的小分子抑制剂配体ITD，页面自由选择。

此时sele中就不会包括ITD所对应的残基方位，页面（sele）讫的A，自由选择renameselection，窗口中经常出现。变更sele为ITD，接着页面（ITD）讫的S自由选择sticks，页面C，自由选择byelement，自由选择。

调整窗口使此分子确切表明。3、找寻ITD与蛋白质相互作用的氢键ITD行页面A自由选择find，自由选择polarcontacts，再行根据必须自由选择，这里自由选择tootheratomsinobject，分子表明窗口中经常出现几个黄色的虚线。ITD行下面经常出现了新的一行。这就是氢键的对象，页面这一行的C，自由选择red，把氢键表明为红色。

4、表明跟ITD构成氢键的残基页面3ODU讫的S，自由选择lines，表明出有所有残基的侧链，用于鼠标旋转蛋白质找寻与ITD以红色虚线连接的残基，分别页面自由选择这些残基。留意此时selecting要是residures而不是atoms。自由选择的时候要细心。中止自由选择可以再度页面已自由选择的残基。

用于上述的方法把自由选择的残基（sele）更名为S1。页面S1讫的S自由选择sticks，C自由选择byelements。

页面L自由选择residures表明出有残基名称．在这个例子中找到其中有一个N所含3个氢键有两个可以寻找与其相连的氨基酸残基，另一个去找将近，这是因为这个氢键有可能是与水分子构成的，水分子在pdb文件中要用一个O回应，sticks显示方式没表明出来水分子，页面all行S自由选择nonbonded，此时就看见一个水与N构成氢键。页面分子空白处，然后页面自由选择这个水分子，变更它的名字为w。在all行页面H，自由选择lines，再行自由选择nonbonded，把这些显示方式去除只留给cartoon。

页面w行S自由选择nb－spheres。5、最后的收尾工作残基名称方位的调整：页面右下角将3－buttonviewing改变为3－buttonviewingediting，这样就可以编辑改动pdb文件了，我们可以将label的方位展开改动，让表明更为明晰，然后调整视角方向直到表明失望为止，这时就可以留存图片了，路径是file＞saveimageas＞png。为了获得更高质量和更加可爱得图片我们可以对菜单栏按照下面的路径之后处置：Setting＞cartoon＞highlightcolor（加剧对比度）；Setting＞cartoon＞fancyhelix；Setting＞transparency＞cartoon＞调节透明度至50％；Setting＞label＞size（调节label字体大小）；Display＞backgroundcolor＞white（背景设置为白色）；此时窗口中的图像应当不怎么漂亮，我们可以试着页面右上角的Draw／Ray。

自由选择Draw处置的速度不会更慢，闲置电脑资源不会较少，自由选择Ray，图形的程度更高，这里我自由选择的就是Ray。等候一会，已完成后就找到图片明晰立体多了，这时千万不要再行在图片上页面了，赶紧留存图片。

这样最后就不会获得一张展出配体与蛋白涉及残基之间氢键起到的图片了。

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